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Se si desidera utilizzare i semi dei frutti freschi, è opportuno tagliare subito i frutti, estrarre i semi ed essiccarli a parte; pochi giorni in un piattino in locale areato, caldo e secco sono sufficienti per una perfetta essiccazione; è poi possibile conservare i semi dei peperoncini in bustine di carta o plastica, in ambiente asciutto e al buio; rimangono vitali per alcuni anni.
I semi si possono seminare anche freschi.
In generale l’utilizzo di semi estratti da frutti non garantisce l’ottenimento di piante e frutti conformi all’originale perché le varietà di peperoncino si ibridano facilmente tra loro e producono piante con caratteristiche intermedie.
La produzione di semi puri richiede tecniche di isolamento dei boccioli per impedire l’impollinazione incrociata ad opera delle api.
Frutti allegati in isolamento difficilmente sono posti in vendita per il consumo.
L’impegno necessario a produrre semi puri è anche un buon motivo per diffidare di chi dispone (p.es. su eBay) di migliaia di semi di moltissime varietà; solo una monocoltura, lontana chilometri da altre coltivazioni di peperoncino, garantisce la produzione di semi puri in grandi quantità.